南通市妇幼保健院药学部，集药学服务、科、教、研为一体，现为中华医学会临床药师规范化培训中心，南通市临床重点专科建设单位，南通大学药学院等多所高校药学专业实习基地。部门现有专业技术人员39人，其中高级职称10人（占比25.6%），博士2人，硕士17人，硕博人才占比达48.7%，拥有江苏省妇幼健康重点人才培养对象1人，南通市226高层次人才培养对象2人，临床药学硕士生导师2人、联合培养导师4人，获国家临床药师资质认证专科临床药师7人，中华医学会临床药师规范化培训师资3人。

药学部设有临床药学科、药品调剂科和药库三个部门，下设临床药学室、药学门诊（含围生期药学特色门诊）、药学实验室、药品不良反应监测办公室、静配中心及智能化审方中心等功能单元，承担全院药品的保障和调剂、药物咨询、药学科普、医嘱审核、药物浓度监测、药学会诊、患者用药教育及药物不良反应分析与上报等专业技术服务。2020年创新开设南通地区首个妊娠期药学门诊，并参与制定《妊娠期药物致畸风险咨询技术规范》。近年来，围绕"围生期安全用药"主题，累计举办国家级继续教育项目2项、省/市级项目各2项，搭建了区域化妊娠期合理用药学术交流平台。

近五年承担国家级科研项目1项（国家自然科学基金面上项目）、省部级课题1项、市厅级项目5项，发表SCI论文9篇、核心期刊论文14篇，获得国家发明专利3项。部门获中国药学会儿童用药科普比赛一等奖、江苏省高校科研成果二等奖、江苏中医药科学技术奖三等奖、南通市优秀中医药项目一等奖、华东杯江苏省医院药师演讲二等奖、南通市青年医务人员职业技能竞赛三等奖等荣誉，多人获南通市“十佳医院药师”称号。