南通市遗传与生殖医学研究所（Nantong Institute of Genetics and Reproductive Medicine）是2016年经南通市机构编制委员会批准成立的科研机构。研究所隶属于南通市妇幼保健院，其集科学研究、人才培养及技术转化于一体，以提升妇女儿童的健康水平为宗旨，以遗传学、生殖医学、出生缺陷等妇女儿童疾病的研究为重点，针对各学科的重点和热点领域开展创新性和应用性研究。研究所坐落于南通市产业技术研究院，实验室建筑面积约900平方米，仪器设备总值逾1千万元，其中包括激光共聚焦显微镜、流式细胞仪、倒置荧光显微镜、多功能凝胶成像仪、实时定量PCR仪以及多功能酶标仪等多种先进仪器和设备。遗传与生殖医学研究所同时作为南通市妇幼保健院的公共科研平台，为全院的科研工作提供技术支撑，以全面提升医院科研水平。

研究所采用PI（Principal Investigator）制管理方式，每个PI分别带领一个科研团队。研究所目前拥全职和兼职PI共10人，研究方向覆盖肠道微生物与生殖健康、遗传学、生殖医学、临床检验及产前诊断新技术、围产期及儿童药物临床试验、以及出生缺陷防控等学科。此外，研究所还配备专职科研人员8人。研究所共有高级职称7人，具有博士学位人员7人；江苏特聘医学专家1人、江苏省“333”高层次人才培养工程培养对象1人、南通市“226”高层次人才培养工程培养对象3人、南通市青年医学人才2人、江苏“卫生创新团队”和“紫琅英才”创新团队各一个；现承担国家自然科学基金面上项目2项、国家自然科学青年基金2项及其他省、市级科研项目十多项。